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Plateforme de criblage et ARN interférence - PARi

Cytometry and Cell Sorting
Publié le 27 avril 2022
La plateforme PARi, située à l'Institut de Radiobiologie Cellulaire et Moléculaire (CEA), est un plateau technologique dédié au criblage à haut débit (High-Throughput Screening, HTS) et à haut contenu (High-Content Screening, HCS) sur tests cellulaires.

Notre équipe dispose du savoir-faire et de l'infrastructure nécessaires à la mise au point de tests cellulaires miniaturisés et automatisés, au criblage systématique et massivement parallèle de banques de perturbateurs biologiques, à la quantification de systèmes rapporteurs simples ou multiplexés et à l'analyse statistique de données de grandes dimensions (Fig. 1).

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   Guillaume PINNA
   Responsable de la plate-forme
   Tél : +33 (0)1 46 54 87 90
   guillaume.pinna@cea.fr

   Secrétariat :
   Aurélie GOURET
   Tél : +33 (0)1 46 54 98 66

   Arielle LELIARD
   Tél : +33 (0)1 46 54 99 49


image1.pngFigure 1 : Domaines d’expertise de la plateforme PARi

En marge de ses activités de criblage, notre plateforme propose aussi un accès à ses équipements robotiques et d'imagerie pour la caractérisation et l'exploration cellulaire de routine.



​Offre Technique

Criblages à haut débit / à haut contenu

Tous nos criblages sont réalisés sur des tests cellulaires mammifères, rapporteurs d'une ou plusieurs fonctions biologiques. Certaines banques de perturbateurs (siARNs, miRNAs…) imposent, par leur nature, de travailler sur des cellules humaines. Notre approche de choix pour la quantification de tests cellulaires est l'imagerie à haut contenu, qui permet de multiplexer les mesures phénotypiques directes (Fig. 2).

image2.png

Figure 2 : Imagerie à haut contenu (High-Content Imaging, HCI). Le HCI couple un microscope à fluorescence automatisé (permettant l’acquisition d’images cellulaires en microplaques, typiquement au format 96 ou 384 puits) avec un logiciel de segmentation et d’analyse d’images. Cette approche technique permet l’analyse directe et simultanée de multiples paramètres cellulaires (taille, morphologie, localisation ou intensité des fluorescences…), pour établir le profilage phénotypique en réponse à une perturbation cellulaire. Lorsque le HCI est employé dans des stratégies de criblage, on parle de High Content Screening (HCS).
 
Dans tous les cas, notre plateforme travaille en étroite collaboration avec les autres plateformes de l’iRCM pour proposer les solutions de criblage les plus adaptées aux besoins de nos collaborateurs (plateforme Cigex pour l’établissement de lignées transgéniques, plateforme de cytométrie pour l’isolement ou l’enrichissement cellulaire, plateforme d’irradiation pour les projets à composante radiobiologique, plateforme d’imagerie pour la caractérisation approfondie de tests cellulaires). L’équipe adopte une démarche qualité pour assurer la traçabilité et la confidentialité des résultats tout au long d’un projet de crible.
 
Sur la base de ces fondamentaux, nous sommes en mesure de proposer de nombreuses approches de criblage :
 
  • Génomique fonctionnelle par perte-de-fonction de gènes (criblage de banques de siARNs).
  • miRNomique fonctionnelle par perte- ou gain-de-fonction de microARNs (criblage de banques d’anti-sens ou de mimiques des miARNs).
  • Criblage de banques de petites molécules.
  • Solutions de criblage « sur mesure » : cribles combinatoires, modificateurs, différentiels, identification de cibles de miARNs par STaRs Assay (voir FAQ), cribles de banques « custom »…
Toutes ces approches ont pour objectif de cataloguer l’ensemble de drogues, des gènes ou des micro-ARNs importants pour une fonction biologique ou une voie métabolique d'intérêt. Les candidats ainsi identifiés servent ensuite de support pour le développement de nouvelles stratégies exploratoires, à visées fondamentales ou thérapeutiques.



Services de routine
 
Notre plateforme propose aussi divers services de routine :
 
  • Mise au point, développement et optimisation de tests cellulaires miniaturisés (96 et 384 puits).
  • Automatisation de traitements cellulaires (ex : transfections, doses-réponses standardisées, tests rapporteurs…).
  • Acquisitions et quantification algorithmique d’images, profilage phénotypique.
  • Traitement et analyse statistique de données de grandes dimensions