Responsable : Eric Bonnet, PhD, HDR, DR CEA
Courriel : eric.bonnet
cnrgh.fr
Le Laboratoire de Bio-Analyse (computational genomics) du CNRGH mène des projets de recherche en analyse de données NGS (short reads & long reads) sur la génomique humaine, en collaboration avec des biologistes expérimentaux ou sur des sujets de recherche propres au laboratoire. Les données génomiques analysées sont de type transcriptomique (RNA-seq), transcriptomique en cellules uniques (single-cell RNA-seq), variants (SNVs, INDELs, variants structuraux), accessibilité de la chromatine (ATAC-seq) ou encore architecture 3D du génome (Hi-C). Nous travaillons sur différentes pathologies humaines telles que les maladies neurodégénératives (Huntington, Alzheimer) ou certaines maladies dermatologiques. Les données proviennent de cohortes de de patients, de modèles animaux, ou encore de cultures cellulaires simples ou 3D (organoïdes). Le laboratoire a aussi une expertise dans les outils et méthodes d’inférence et d’analyse de réseaux biologiques.
Membres du laboratoire
Solène Brohard, PhD, ingénieur-chercheur CEA
Kévin Muret, PhD, ingénieur-chercheur CEA
Claire Jubin, PhD, ingénieur-chercheur CEA
Nouara Oussada, ingénieur-chercheur CEA (50% avec l'Institut François Jacob CEA)
Miriam Riquelme-Pérez, PhD student (co-supervision C. Escartin, E. Bonnet and S. Brohard)
Vincent Le Goff, CDD Ingénieur-Chercheur CEA
Camille Lemercier, stagiaire M2 Bioinformatique, Université d'Evry
Naëla Gourri, stagiaire M1 Bioinformatique, Université d'Evry
Clara Cherruaud, stagiaire école d'ingénieur ISEN Brest
Alumni
Lilia Mesrob †, ingénieur de recherche INSERM (2018 – 2020)
Jeanne Cherruaud, étudiante en médecine et Master 1 sciences et santé, Université de Nantes (Mai – Juin 2022)
Alexandre Hubert, stagiaire Master 1 bioinformatique, Université de Rennes (Avril – Juillet 2022)
Seydi Thimbo, stagiaire Master 2 bioinformatique, Université de Montpellier (Février – Juillet 2022)
Sara Bencheikh, stagiaire Master 2 (contrat d'apprentissage), Université de Rouen (2021 - 2023)
Collaborations :
- Laboratoire Astrocytes réactifs dans les maladies neurodégénératives (Dr Carole Escartin, MIRCen, CEA Fontenay-aux-Roses)
- Laboratoire Imagerie Multimodale Intégrative des Maladies Neurodégénératives et Thérapies (Dr Marc Dhenain, MIRCen, CEA Fontenay-aux-Roses)
- Hôpital Henri Mondor à Créteil (Pr Sophie Hüe PUPH)
- Laboratoire de Bioinformatique, CNRGH, Evry (Dr Vincent Meyer)
- Equipe Maths et Statistiques, CNRGH, Evry (Dr Edith Le Floch)
- Equipe Chromatine et organisation 3D du génome, CNRGH, Evry (Dr Sophie Chantalat)
- Equipe de recherche biomarqueurs circulant, CNRGH, Evry (Dr Florence Mauger)
- Laboratoire Epigénétique et environnement, CNRGH, Evry (Dr Jörg Tost)
- Computational Biology Unit, Department of bioinformatics, Bergen (Pr Tom Michoel)