Le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche (MESR) a remis pour sa deuxième édition le 29 novembre dernier les Prix science ouverte du logiciel libre de la recherche1. Huit logiciels développés par des équipes françaises ont été récompensés pour leur contribution à l'avancée de la connaissance scientifique ou pour le caractère prometteur de leurs travaux. Les prix ont été distribués dans quatre catégories: « Scientifique et technique », « Communauté », « Documentation », « Coup de cœur », avec chacune un lauréat et un espoir.
Parmi les lauréats, PPanGGOLiN, logiciel de bioinformatique dédié à l'analyse de pangénomes et développé au sein du laboratoire LABGeM (Genoscope/UMR8030 Génomique Métabolique), a reçu le prix espoir de la catégorie « Scientifique et technique ». Ce logiciel permet de créer, manipuler et analyser des pangénomes procaryotes en utilisant des dizaines voire des milliers de génomes d'une même espèce. Il permet ainsi d'étudier l'évolution ou l'écologie des microbes, ouvrant la voie à des découvertes importantes pour la santé humaine, l'agriculture, l'alimentation ou l'environnement.
Le logiciel PPanGGOLiN a été développé dans le cadre de trois thèses de doctorat financées par le CEA (réalisées respectivement par Guillaume Gautreau, Adelme Bazin et Jérôme Arnoux2). Le code source du logiciel PPanGGOLiN, en langage Python, a ainsi considérablement évolué depuis sa création avec notamment l'ajout de nouvelles méthodes d'analyses de régions de plasticité génomique. Ces contributions ont permis à l'équipe de développement de PPanGGOLiN, sous la supervision d'Alexandra Calteau et de David Vallenet et consolidée par l'arrivée d'un ingénieur, Jean Mainguy, d'assurer sa maintenance corrective et l'ajout de nouvelles fonctionnalités.
Le logiciel et ses développements ont donné lieu à trois publications citées dans plus de 140 publications scientifiques, faisant de PPanGGOLiN, un des logiciels de référence pour réaliser des analyses pangénomiques microbiennes, que ce soit dans les laboratoires de recherche publique ou dans des entreprises privées. Le laboratoire LABGeM a également intégré l'outil dans sa plateforme de service, MicroScope, mis à disposition des microbiologistes et qui comprend plus de 6600 utilisateurs à travers le monde.
Une nouvelle version (2.0) du logiciel a été déployée en janvier 2024 avec de nouvelles fonctionnalités incluant la possibilité d'associer des métadonnées aux pangénomes , une structure de données améliorée pour le stockage des pangénomes, et une toute nouvelle documentation.
Les concepteurs du logiciel PPanGGOLiN (de gauche à droite : Jérôme Arnoux, David Vallenet, Adelme Bazin, Guillaume Gautreau, Alexandra Calteau) (crédit DR)
1 : Inscrit dans le deuxième Plan national pour la science ouverte, les prix science ouverte du logiciel libre de la recherche mettent en valeur les projets et les équipes de recherche qui œuvrent au développement et à la diffusion des logiciels libres et qui contribuent à la construction d’un bien commun de première importance.
2 : Soutenance prévue fin 2024